Nguyên tên thành phố là "Real Villa de San Miguel de Tegucigalpa de Heredia" do di dân Tây Ban Nha thành lập năm 1578 trên một ngôi làng của thổ dân châu Mỹ. Nguồn sinh lực kinh tế của Tegucigalpa trong thời kỳ thuộc địa là các mỏ vàng và mỏ bạc gần đó.

Năm 1821 sau khi chính thể thuộc địa Tây Ban Nha chấm dứt, Tegucigalpa trở thành thủ đô của Honduras. Tuy nhiên địa vị này cũng đã thay đổi mấy đợt khi chính phủ Honduras dời đô về Comayagua, rồi lại trở lại Tegucigalpa. Mãi đến năm 1880 chính phủ mới định đô ở Tegucigalpa.

Trong suốt một thế kỷ, Tegucigalpa là một thành phố nhỏ, kém mở mang nhưng đến thập niên 1970 thì lớp di dân từ thôn quê kéo lên thủ đô lập nghiệp ngày càng đông, tạo cho thành phố một bộ mặt mới. Tegucigalpa trở thành một đô thị tỏa rộng nhưng kế hoạch xây cất phần nhiều vẫn thiếu trật tự.